“南蛮贸易”中的西方商船
习惯上，日本把源自中国的传统医学称为“汉方医学”或“东洋医学”，基本上可以看作中医的一个支流。日本人学习、接受中医的历史相当久远，早在公元五世纪，中医疗方就经朝鲜医师传入大和朝廷。唐代日本全面输入中国文化，中医也在其中。从中药、医书、临床到管理等环节，日本全面接受中医体系，并吸收内化成日本特色的“汉方医学”。唐末日本废止遣唐使，但民间层面医学的交流仍然活跃，宋元以降日本从中国输入的物品里汉方和医书占了很大比重。中世纪以前，汉方医学主要被僧院佛门垄断，不少来华求法僧人研修佛禅的同时兼学医术，有的僧侣本身就是名医，如室町幕府时期的月湖和尚。这些僧人学成归国促进了中医在日本的传播和影响。
十五世纪以后，日本汉方医学界分化，形成以中国金元医学占主流的“后世方派”和推崇张仲景的“古方派”，此外还有主张两者调和的“折中派”，各流派之间互相论争，出现百家争鸣的局面，然而汉方医学在日本的地位却日益巩固，逐步形成了独自的医疗体系，到江户中期迎来鼎盛期。
1774年一本荷文医书在日本翻译问世，这使得中医千年高居主流的态势悄悄发生变化。
兰学漂洋过海进入日本
随着世界地理大发现和新航路的开辟，西方海洋势力不断闯入东亚海域。1543年一艘葡萄牙商船漂流到九州的种子岛，将火绳枪传入日本。此后西方人进入日本，他们通常取道东亚海域南面的印度洋和南洋，日本因此称之为“南蛮”。“南蛮”中包含大量传教士，他们在宣教的同时也带来了与东亚传统文明绝然不同的知识和学问，如天文、医学、地理、算数、测绘、航海等。
十六、十七世纪之交，葡萄牙、西班牙等国的传教士不断进入日本，他们在九州、关西传教建造“南蛮寺”（教堂），作为吸引信众的手段，还开设医院治病救人，此为西方医学在日本的发端。西方传教势力的迅速膨胀引起了幕府的警觉和不安，他们对此严加弹压和取缔，终于酿成1637年大量传教士和信众参加的岛原之乱，平乱后江户德川幕府于1639年实行锁国政策，允许对日贸易的“南蛮”仅有荷兰，幕府治下的佐贺藩长崎成了锁国体制下唯一的对外窗口，此后，“南蛮”文化以一种特殊方式经由荷兰人从这里又开始进入日本，因而西学被称为“兰学”。
十八世纪初，幕府第八代将军德川吉宗继位，为了克服严重的财政危机，他推行一系列改革，奖励实学，对外采取了比较宽松的政策。曾遭严禁的汉译洋书也放宽了，只要不涉“邪教”，都可以在日本流通。
为了解“南蛮学问”的底细，幕府派医官野吕元丈(1693—1761)、 儒官青木昆阳(1698—1769)前往长崎学习兰医和兰文。两人分别写出《荷兰本草和解》、《荷兰文字略考》，成了日本“兰学”的拓荒人，培养了不少通晓“南蛮学问”的“洋才”，其中青木弟子前野良泽(1723—1803)后来与杉田玄白合作，译出德国解剖学家约翰·亚当·库姆斯的《解体新书》荷文译本，成为“兰学”之滥觞，引发日本人知识结构和思想观念的激烈变革，孕育了近代科技文明的胚胎。
一本医书开启一个新时代
杉田玄白 （1733-1817）是日本近代医学先驱，他改写了日本的近代医学史。一千多年来曾被日本医学界奉为圭臬的传统中医，在近代日本发生逆转，从主流退居末流，甚而沦为被抛弃的“伪学问”，其中杉田玄白起了不小的作用。
杉田玄白1733年出生于江户城外牛込町（今东京新宿）一个医师世家。父亲杉田玄甫是驻江户城的若狭藩医。玄白自幼钻研家传医术，一度师从幕府医官西玄哲，还随儒学家宫濑龙门学汉学，从留下的作品来看，他的汉文功底颇深，翻译荷文的《解体新书》用的就是通畅的和式汉文。他还会作汉诗，是个有情趣的学者。
与杉田同时代的一个医师山胁东洋，一次偶然为死刑犯解剖时发现人体实际内脏构造与日本流传的汉籍医典出入很大，却与“南蛮”医书所载人体内脏图谱如出一辙。经过悉心研究，写成《蔵志》（“蔵”即“内脏”），并绘成《九蔵图》，对中医有关内脏理论提出质疑。由于当时汉方医学高高在上无以撼动的权威性，山胁的学说并没有引起重视，但却引起杉田强烈好奇，这也是促成他日后鼎力译介兰学的机缘。
据玄白的回想录《兰学事始》记载，明和八年（1771年），若狭藩医中川淳庵带着一本借来的荷兰文医书《解体新书》拜访玄白。玄白不谙荷文，但书中精密详尽的解剖图，完全迥异于见惯了的汉籍医书粗糙模糊的人体图谱，令他想起先前读过的《蔵志》，十分震惊，设法将这本书买到手，悉心揣摩研究，并多方争取亲临解剖现场验证虚实的机会。但江户时代朱子学被奉为至尊，人们遵循儒家“身体发肤，受之父母，不敢毁伤，孝至始也”的古训，解剖尸体与毁尸同罪。经过斡旋，江户城郊小冢原刑场（今东京都荒川区南千住）处决囚犯，特许他前去察看解剖，杉田与前野、中川三人带着《解体新书》和汉籍医书前往现场，当场检验，结果令人吃惊。比如肺部，汉方医书写着“肺六叶两耳，肝左三叶，右三叶”，而实际情形是“人体肺右三叶左二叶；肝右大左小”。兰医图绘分毫不差。震撼之余，三人决计一同合作将这本医书名著译出。
在当时条件下，翻译荷兰文医书，难度远超今天的想象。因“兰学”是末流之学，懂的人少，兼通荷语和医术者更罕见，求教无门；就连翻译必备的辞典之类工具书也没有；而且三人虽是当世“兰学家”，但水平参差不齐，何况草创之初，程度稍高者也是二把刀水准。尤其玄白，所长在家传汉方医术，荷文水准则相形见绌。十年前荷兰商馆馆长到江户觐见幕府将军之际，杉田与之进行交流，曾萌生学习荷语之志，但被随行翻译泼了冷水，学习热情大受打击。
《兰学事始》是随笔式回忆录，其中一段将杉田等三人翻译《解体新书》种种艰辛写得十分真实生动：动笔翻译不久，一下就碰壁。原著《五官篇·鼻》中第一句有关鼻子的定义就难倒了几个所谓的兰学家：“鼻者，乃颜面正中vooruitsteekende之器官也”。不知荷语中“vooruitsteekende”一语究竟何意，又无处可问，翻译就此搁浅。后来，前野良泽到长崎出差购买回一本简易荷语会话读本，玄白翻来覆去阅读研究，终于找出其中与vooruitsteekende一词相关句子，诸如：“树枝削砍，其创口vooruitsteekende”；还有“ 清扫庭院尘土树叶集中vooruitsteekende”，反复揣摩，杉田忽然悟到：位于脸部正中间，不就是像树枝切口愈后，尘土树叶堆积后的形态嘛，也就是高高堆起、隆起的部位？遂猜出vooruitsteekende即对应日语中的“堆高”，“隆起”的意思。三人会意，不禁手舞足蹈。晚年玄白追忆“兰学”在日本发端之初的种种不易，感慨万千，他形容当时翻译《解体新书》时，战战兢兢，“如乘无舵之舟泛于大洋，无可依托但觉茫然”，“书中纪事字字辛苦”。但偶有突破或创意则欣喜欲狂，“心情就像无意得到世间无上的宝物一样”。这部连图谱在内不太厚的书，磕磕碰碰前后花了近四年才得以付梓刊行。
《解体新书》的出版，将日本人研究“南蛮”学问的热情推向一个新高度，人们才知道：除了传统熟知的汉方医学，世界上还有一种似乎更靠谱也更管用的医术，由此引发知识阶层学习荷兰语，旁及其他领域技术学问的兴趣。这本书的翻译出版，被认为日本近代科学精神的曙光。
杉田玄白推崇兰医明确、科学、可重复、可验证的优越性，同时对传统汉方医学的可靠性提出质疑。尽管中医经历悠久时间的考验，但根本一点缺乏确实的可操作性的理论，大而化之，往往会出现十人十见、莫衷一是的现象；相比之下兰医严谨精确，百人同症，疗法如一，对症而治，百人皆愈。杉田的书和言论击中了“东洋医学”的某一面软肋，成了中医在日本走下坡路的起点。
西医如何逆袭中医？
明治维新前后，西方医学成为时代潮流，而汉方医学在日本的命运则急转直下，一度跌入千年未有之窘境。战争是检验技术的试金石。西医逆袭中医，在日本获得压倒性的优势并最终取代中医，也是拜战争所赐。
1867年江户无血开城，末代将军德川庆喜把大政奉还天皇，但不愿归顺的东北诸藩掀起了对抗新政府的“戊辰战争”。战事非常惨烈，与传统冷兵器时代的打打杀杀不同，彼时作战双方已普遍使用杀伤力极大的枪、炮等现代兵器，造成的伤亡很大，特别是由于枪创导致大量出血、感染破伤风的死亡率极高。对此，随军的汉方医生却束手无策。政府军首脑西乡隆盛从英国使馆招聘西医随军出征，挽救了大量伤员，不但大大降低了战事伤亡率，轻伤者还能很快复原重新成为战力。西医在外科手术与临床诊疗的神奇功效，使新政府军政高层深受震动，内战结束后，引进学习西方军医制度和改革传统医疗体制成了明治政府一大急务。
1868年12月，根据天皇的旨意，明治政府将国民的健康和卫生防疫提到国家战略层面加以督导，出台《太政官布告》，宣布全面改革医疗制度，规定今后在日本行医，必须通过国家医学考核才能获得执照。针对当时汉方医生占绝多数，西医人才稀缺的情况，明治政府采用请进来和走出去的方式，积极培养本土西医人才。十年之后，全国通过考核获得西医执照的达到1800多人。虽没有政府明确禁止中医，但封杀其生存空间的政策导向使得中医自行式微：开业医师资格考试科目全是西医内容；汉方药馆被废止，禁止汉方自由买卖，严格控制“处方权”，有西医执照业者才能开中药。
而且，经由江户时代兰学家，德国医学传入日本，加之德国对日本成功向近代化国家转型有启蒙之功，德国医学体制成了明治政府医疗改革的范本。
明治元年，佐贺藩长崎兰医出身的相良安知被任命为 “医学校兼医院”（东京大学前身）大学权大丞，主管政府医疗事业。在佐贺同乡明治重臣大偎重信和副岛种臣支持下，日本全面引入德国医学体制，聘用德国医师，并派遣大量青年才俊到德国学医。明治政府的“医改”不久就大见成效，到十九世纪末，日本本土西医人才大量涌现，医学技术迅速赶上欧美水平，反过来成了中国的学习对象。
一度造福东亚，乃至为人类健康事业做出过贡献的中医却成了落后、保守、愚昧的代名词，甚至很长一段时间被当作“伪科学”遭到无情抛弃，而西医则代表着先进、文明，成为近代日本知识界的普遍共识。
